Urodził się ok. 185 r. w Aleksandrii w rodzinie chrześcijańskiej. Od swego dziciństwa był przez swego ojca wprowadzony w lekturę i studium Pisma Świętego. Na jego dalsze wykształcenie złożyły się wykłady z filozofii platonika Ammoniosa Sakkasa. Duży wpływ na Orygenesa miała także teologia Klemensa Aleksandryjskiego uprawiana w przekonaniu, że wiara i poznanie, chrześcijaństwo i kultura grecka nie muszą istnieć w opozycji; co więcej, że światło filozofii pozwala głębiej zrozumieć Objawienie i w doskonalszy sposób je prezentować.
Wydarzeniem, które zaciążyło na całym życiu Orygenesa była męczeńska śmierć jego ojca Leonidasa, w czasie prześladowań Septymiusza Sewera (202 r.). Męczeństwo ojca wpłynęło na surowy, ascetyczny styl życia syna, któremu od tego czasu towarzyszyć będzie pragnienie złożenia podobnego świadectwa wiary. O tym jak radykalnie przejął się Ewangelią, świadczy fakt, że kilka lat później dokona autokastracji, prawdopodobnie zbyt dosłownie interpretując tekst ewangeliczny: "Są wreszcie i tacy, którzy sami siebie uczynili niezdolnymi do małżeństwa dla królestwa niebieskiego" (Mt 19, 12).
Śmierć ojca powiązana z konfiskatą majątku rodzinnego sprawiła, że Orygenes mający wtedy siedemnaście lat, musiał zatroszczyć się o los swojej matki i sześcioro młodszego rodzeństwa. Zaczął więc zarabiać na życie nauczając gramatyki (literatury). Wnet jednak sprzedał swą bibliotekę literatury pięknej, aby poświęcić się nauczaniu chrześcijańskiej filozofii i studium Pisma Świętego (211 r.). Tak powstała słynna szkoła katechetyczna, w której Orygenes wykorzystywał wszystkie możliwe dyscypliny naukowe: filozofię, logikę, matematykę, astronomię na służbę teologii. On sam był nie tylko wybitnym nauczycielem, ale również mistrzem życia chrześcijańskiego, wielkim pedagogiem. Docenił to biskup Aleksandrii, który powierzył mu funkcję katechety przygotowującego katechumenów do chrztu. Szkoła cieszyła się tak wielkim powodzeniem, że uczniami Orygenesa byli nie tylko katechumeni, ale również poganie poszukujący prawdy. Cieszył się sławą - był zapraszony z wykładami m. in. przez gubernatora Arabii, a nawet przez Julię Mammeę, matkę cesarza Aleksandra Sewera.
Właśnie sława z jednej strony i zazdrość z drugiej sprowokowały, jak się wydaje, konflikt pomiędzy Orygenesem i biskupem Demetriuszem, który znalazł okazję, by ukarać Orygenesa, gdy ten, podczas pobytu w Palestynie, przyjął święcenia kapłańskie z rąk biskupów tamtejszej prowincji. Zwołany przez Demetriusza synod zakazał Orygenesowi żyć i nauczać w Aleksandrii (231 r.). Główną przyczyną kroków przedsięwziętych przeciwko niemu było przyjęcie święceń nie od swojego biskupa oraz fakt kastracji.
W efekcie Orygenes zamieszkał z Cezarei Palestyńskiej. Ciesząc się poparciem tamtejszego biskupa, mógł nauczać przez ponad dwadzieścia lat. Aresztowany i torturowany podczas prześladowań Decjusza, zmarł niedługo potem, prawdopodobnie w 253 bądź w 254 roku, w Tyrze (Syria).